Vùng đất Yên Đồng được cho là có lịch sử lâu đời. Căn cứ vào những phát hiện các lớp sú vẹt dưới các lớp vỏ sò vỏ hến, các nhà nghiên cứu dự đoán vùng đất Yên Đồng xưa thuộc vùng biển nông, sau được phù sa sông Đáy lắng đọng bồi đắp nâng cao dần thành đồng ruộng, cửa biển Đại Ác xưa (nay là cửa biển Độc Bộ) cũng đã lùi xa mấy chục km. Theo truyền ngôn thì ông Trần Xuân Hằng, người Tiên Du là người đầu tiên về đây lập ấp nên làng mới có tên gọi chệch là Trần Xá xã, tên Nôm gọi là làng Tràn.

Thời Lý - Trần, vùng đất Yên Đồng nay tương ứng với 5 phường: Trần Xá, Cốc Dương, Lê Lợi, Đồi Trung, An Hạ, thuộc huyện Đại An, trấn Sơn Nam. Đến thời Hậu Lê, vùng này gồm 5 xã: Vỉ Nhuế (xã Vỉ Nhuế bao gồm 5 thôn: Trần Xá, Quảng Nạp, Nhuế Duệ, Tịch Nhi, Đáy. Đến năm Minh Mạng thứ 10 (1831), xã Vỉ Nhuế được đổi thành tổng Vỉ Nhuế.), Cốc Dương; An Trung, La Ngạn (do Lê Lợi lên làm vua nên xã Lê Lợi tránh tên húy đổi là xã La Ngạn) và An Hạ thuộc huyện Đại An, phủ Nghĩa Hưng.

Từ 1945 đến 1959, vùng này có tên gọi là xã Đại Đồng, thuộc huyện Nghĩa Hưng, tỉnh Nam Định. Đến năm 1959, xã có tên là Yên Đồng, thuộc huyện Ý Yên, tỉnh Nam Định.